Produktet

Analiza e ngjarjeve të fosforilimit në të gjithë proteomën është ende një sfidë e madhe analitike për shkak të kompleksitetit të madh të rrjeteve të fosforilimit të proteinave.Në këtë punë, ne vlerësojmë komplementaritetin e Lys-N, Lys-C dhe tripsinës në lidhje me aftësinë e tyre për të kontribuar në analizën globale të fosfoproteomës.Një version i rafinuar i shkëmbimit të kationeve të fortë me pH të ulët u përdor për të ndarë në mënyrë efikase peptidet N-terminalisht të acetiluar, fosforiluar dhe jo të modifikuar.Një total prej 5036 fosfopeptide jo të tepërta mund të identifikohen me një shkallë të rreme zbulimi prej <1% nga 1 mg proteinë duke përdorur një kombinim të tre enzimave.Të dhënat tona zbuluan se mbivendosja midis grupeve të të dhënave të fosfopeptideve të gjeneruara me proteaza të ndryshme ishte margjinale, ndërsa mbivendosja midis dy grupeve të të dhënave triptike të krijuara në mënyrë të ngjashme u gjet të paktën 4 herë më e lartë.Në këtë mënyrë, përdorimi paralel i Lys-N dhe tripsinës mundësoi një rritje prej 72% të numrit të fosfopeptideve të zbuluara në krahasim me d vetëm me tripsinën, ndërsa një eksperiment i përsëritjes së tripsinës çoi vetëm në një rritje prej 25%.Kështu, kur fokusohemi vetëm në të dhënat e tripsinës dhe Lys-N, ne identifikuam 4671 fosfopeptide jo të tepërta.Analiza e mëtejshme e vendeve të zbuluara tregoi se grupet e të dhënave të Lys-N dhe tripsinës u pasuruan me motive fosforilimi dukshëm të ndryshme, duke evidentuar më tej se qasjet multiproteaza janë shumë të vlefshme në analizat e fosfoproteomeve.